Matej Ruttkay absolvoval Filozofickou fakultu Univerzity Komenského v roce 1983, promoval s červeným diplomem. 

Po ukončení vysokoškolského studia začínal ve Vlastivědném muzeu v Nitře, od roku 1986 pracuje v Archeologickém ústavu SAV. Od roku 1992 jako vědecký tajemník ústavu a od roku 2002 jako zástupce ředitele. Prvního února 2008 byl jmenován ředitelem Archeologického ústavu SAV v Nitře. Vědeckou hodnost kandidáta věd získal v SAV v roce 1985 po obhajobě disertační práce na téma Vývoj osídlení a typy sídlišť v 6. - 13. stol. na západním Slovensku. Vedl a koordinoval řadu mezinárodních výzkumných projektů zaměřených na terénní archeologický výzkum, ale i na vytváření encyklopedických databází a internetových prezentací výsledků archeologických výzkumů.

Matej Ruttkay se vedle vědecké práce věnuje i pedagogické činnosti na UKF v Nitře, výchově doktorandů, pravidelně působí na Archeological Summetr School v Nitře. Získal řadu mezinárodních i domácích ocenění, mezi nimi ocenění American Academy in Rome (2005), Alexander von Humbolt Foundation (1999/2000), Cenu SAV za popularizaci vědy, Cenu primátora Nitry a další.